Sujets de recherche

Mibiogate est un projet structurant de recherche préclinique. Il se décline sous le format d’une étude de faisabilité, de 5 projets de thèses et de 2 post-doctorats. Vous trouverez ci-dessous les objectifs globaux des projets de recherche puis le détail des sujets de thèses et post-doctorats.

1) Caractériser l’évolution des barrières d’organe au cours des pathologies chroniques d’intérêt
  • Étudier la réponse inflammatoire des barrières
  • Observer les barrières par Imagerie
  • Développer des biomarqueurs d’imagerie et moléculaires
​2) Définir le rôle du microbiote intestinal dans les dysfonctions des barrières
  • Étudier le microbiote (analyse et développement d’outils bioinformatiques)
  • Caractériser le rôle des vésicules extracellulaires produites par les bactéries
3) Intégrer et analyser l’ensemble des données générées afin d’établir des cartographies transcriptionnelles des interactions microbiote/barrières de l’hôte
  • Étudier les barrières d’organe
  • Analyser le transcriptome des cellules épithéliales de l’hôte
  • Analyser le microbiote par des techniques de métaséquençage
4) Cibler les barrière et moduler le microbiote dans un but thérapeutique ou préventif
  • Étudier le potentiel de ciblage d’une affitine sélectionnée
  • Sélectionner un cocktail de bactéries pour concevoir un probiotique
  • Tester des probiotiques et prébiotiques dans le cadre de partenariats industriels

Le consortium de Mibiogate accueille 5 doctorants et 2 post-doctorants en co-tutelle répartis sur l’ensemble des 9 laboratoires académiques de la région Pays de la Loire.

Thèse 1 : Etude des Dysfonctionnements des barrières dans les allergies respiratoires et l’asthme
Encadrants : Pr Antoine Magnan (UMR1087 IT) / Dr Grégory Bouchaud (UR1268 BIA)
Doctorante : Eléonore Dijoux

Thèse 2 : Etude des Dysfonctionnements des barrières dans les MICI (Maladies Chroniques Inflammatoires de l’Intestin)
Encadrants : Dr Malvyne Rolli-Derkinderen (UMR1235 TENS) / Dr Marie Bodinier (UR1268 BIA)
Doctorante : Amélie Le

Thèse 3 : Etude des Dysfonctionnements des barrières dans les pathologies développementales
Encadrants : Dr Michel Neunlist (UMR1235 TENS) / Dr Patricia Parnet (UMR1280 PhAN) / Dr Samuel Chaffron (UMR6004 LS2N)
Doctorante : Johanna Zoppi

Thèse 4 : Etude de la contribution des vésicules extracellulaires issues du microbiote dans la physiopathologie des atteintes hépatiques
Encadrants : Dr Ramaroson Andriantsitohaina (UMR1063 SOPAM) / Dr Jérôme Boursier (EA3859 HIFIH)
Doctorant : Alexandre Villard

Thèse 5 : Développement d’outils d’étude et de ciblage des barrières
Encadrants : Dr Axelle Renodon-Cornière (UMR1232 CRCINA) / Dr Maxime Mahé (UMR1235 TENS)
Doctorante : Aurélie Loussouarn

Post-Doctorat 1 : Analyse Bioinformatique et biostatistique du microbiote
Encadrant : Dr Emmanuel Montassier (EA3826 MiHAR)
Post-Doctorant : Philippe Bordron

Post-Doctorat 2 : Développement de méthode d’Isolation et de Caractérisation des vésicules extracellulaires issues du microbiote
Encadrants : Dr Ramaroson Andriantsitohaina (UMR1063 SOPAM) / Dr Hélène Boudin (UMR1235 TENS)
Post-Doctorante : Dr Nadia Benabbou